# Bioconductor 软件仓库

> 可调整选项：
> - 镜像地址：`https://mirrors.cernet.edu.cn/bioconductor`
> - sudo：`开启`


> 本站收录所有共享帮助文档；文档存在不代表浙江大学镜像站当前提供该镜像。请查阅 https://mirrors.zju.edu.cn/mirrorz.json 确认当前目录与状态。
> 下列命令使用上述选项，请根据实际系统版本选择；未填写的文本选项需要在原文页面补充。

## 项目简介

[Bioconductor](<https://www.bioconductor.org/>) 为高通量基因组数据的分析和可视化提供开源工具。Bioconductor 多数软件包采用 R 统计编程语言开发。Bioconductor 每年释出两个版本，并有活跃的用户社区。


## 版本说明

由于 Bioconductor 的 rsync 上游会自行删除非最新的版本，大部分镜像站仅提供 Bioconductor 的当前最新版本和开发版本，只有少量镜像站点会保留过时的版本。目前已知[西湖大学镜像站](<https://mirrors.westlake.edu.cn/>)提供了历史版本的镜像。

详细讨论参见 [tuna/issues #1969](<https://github.com/tuna/issues/issues/1969>)。


## 使用方法

Bioconductor 镜像源配置文件之一是 `~/.Rprofile`（linux 下位于 `~/.Rprofile`, Windows 下位于 `~\library\base\R\Rprofile`）。

在文末添加如下语句或在 R/RStudio 终端下键入：

追加到 `~/.Rprofile`：

```r
options(BioC_mirror="https://mirrors.cernet.edu.cn/bioconductor")
```

即可使用该 Bioconductor 镜像源安装 Bioconductor 软件包。命令如下：

```r
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("$package")
```


## 离线使用

如果您只能访问内网镜像站，在完成下列步骤后，依然可以正常使用 Bioconductor 镜像。
1. 确保 BiocManager 的版本不低于 `1.30.12`。
2. 使用一台可以访问公网的设备，访问 [https://bioconductor.org/config.yaml](<https://bioconductor.org/config.yaml>) 下载 `config.yaml`，并将该文件拷贝到 BiocManager 所在的内网设备上。然后，在 `~/.Rprofile` 添加如下配置：

追加到 `~/.Rprofile`：

```r
options(
    BIOCONDUCTOR_CONFIG_FILE = "file:///path/to/config.yaml"  # config.yaml 所在的路径
)
```

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许可：[CC BY-NC-SA 4.0](https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/)
文档索引：https://mirrors.zju.edu.cn/llms.txt
如仅限浙大校内网络访问，可将 mirrors.cernet.edu.cn 替换为 mirrors.zju.edu.cn。